3期の計画からなっている。まず2005年度?2007年度に工学系キャンパスを移転させる。あわせて理系図書館と食堂・寄宿舎の整備も行う。続いて2008?2011年度は残りの用地取得と整備を行う。その次の2012年度から2019年度にかけて順次建物を移転する予定となっている。
馬出地区（医系）・筑紫地区（総合理工学府）･大橋地区（芸術工学部）の移転計画は無く、各地区での教育が続く事になる。
2005年10月1日よりまず工学部機械航空工学科・物質科学工学科とその関連大学院を対象に開講した。しかし完成していない部分も多く、同学科が利用する棟においても室内工事等は同日以降も続けられていた。
2005年12月7日、水素ステーションの試運転中に酸素パイプ破裂事故が起こった。
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2006年度後期より、電気情報工学科、地球環境工学科、エネルギー科学科が移転し、建築学科を除く工学部の移転が完了した。この第2期開講時にも、今回開講分の施設は一部未完成だった。学生寮は2006年秋から1棟が供用されている。
図書館・食堂・自販機・売店（大学生協とローソンの計2店舗）・書店（紀伊国屋書店）・ATM等が利用可能である。なお、開校後の正式キャンパス名は「伊都地区」であるが、計画段階で使われていた「元岡地区」の呼称も浸透している。「伊都」というのは、キャンパスが立地する糸島半島にあったとされる伊都国にちなんで前原市などがしばしば用いている愛称であり、住所表記上の地名ではない。